После того, как Землю атаковали инопланетные пришельцы, человеческая раса стоит под угрозой вымирания. Остатки людей сплотились в вооруженные отряды что бы хоть как то защитить друг друга и найти провиант. Со стороны пришельцев больше нет угрозы, но с этого момента мы, люди, являемся в действительности чужаками на Земле. Игра продолжает историю Anomaly Korea, и является намного более модернизированной в техническом плане Tower Defense. В предыдущей версии игры перед вами стояла задача только защиты, но в Anomaly 2, выбрав фракцию (Земляне, и Инопланетяне), у вас появится возможность перейти в наступление. Вы сможете устанавливать и корректировать маршрут вашего передвижения (выбирать направление на распутье и перекрестках), и выбирать юнитов в колонну (свыше 20 единиц со сложной системой модификаций).